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CRG标准化了COVID-19数据分析以协助国际研究工作

基因组调控中心(CRG)的研究人员已经启动了一个新数据库,以推进研究COVID-19的国际研究工作。

“科学家正在昼夜不停地了解SARS-CoV-2(引起COVID-19的病毒),以便我们发现它的弱点并加以击败。全世界大量的科学数据正在发表,” Eva说。 Novoa是巴塞罗那CRG的研究员。

“但是,我们用于研究SARS-CoV-2的某些技术(例如纳米孔RNA测序)太新了,由于所使用的不同标准和方法的拼凑,一篇论文的结果无法与另一篇论文相提并论。我们正在收集所有这些数据并进行分析,以使其达到更具普遍性的可比标准。这将有助于研究人员更快速,准确地发现冠状病毒的优缺点。”

为了了解冠状病毒如何生长,突变和复制,科学家必须对COVID-19的RNA进行测序。RNA序列揭示了有关病毒制造的蛋白质入侵人类细胞并复制的重要信息,这反过来又向政府通报了大流行的传染性和严重性。

传统的测序工具可能需要很长时间才能提供结果。近年来,由于纳米孔测序技术的使用,实时测序数据已成为现实,彻底改变了基因组学研究和疾病暴发监测。纳米孔测序为科学家和临床医生提供了即时,实时访问任何活细胞的DNA和RNA序列信息的功能,从而能够对大流行的威胁做出快速反应。

但是,纳米孔测序产生的原始数据非常复杂。目前,科学家和临床医生缺乏对数据进行可重复分析的系统指南,从而限制了新兴技术的巨大潜力。

为了标准化对公开可用的SARS-CoV-2纳米孔测序数据的分析,巴塞罗那基因组调控中心(CRG)的研究人员使用了由Eva Novoa和CRG生物信息学小组开发的计算机程序MasterOfPores。该软件于上周在《遗传学的前沿》中首次描述。

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