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在非洲中部引起血液感染的沙门氏菌几乎对所有药物都有抵抗力

在刚果民主共和国(DRC)发现了第一种广泛耐药(XDR)的鼠伤寒沙门氏菌(一种病原体,它是撒哈拉以南非洲每年造成数百万血流感染的病原体)。耐药性已经在连续组增加S.鼠伤寒随时间。这些新菌株对刚果民主共和国的一种常用药物具有抗药性,其中一种样品对这种最终抗生素的敏感性降低。

这项研究于今天(2019年9月19日)在Nature Communications上发表,由安特卫普热带医学研究所(ITM),刚果民主共和国国家研究所(INRB),威康桑格研究所,大学的研究人员进行。剑桥大学及其合作者。调查结果表明,S.鼠伤寒沙门氏菌已经在撒哈拉以南非洲的发展在过去的几十年,并继续这样做。需要采用多方面的方法来追踪和控制XDR沙门氏菌的传播,包括进一步的微生物和基因组监测。

大多数沙门氏菌感染导致与食物中毒相关的症状。虽然令人不快,但在绝大多数病例中症状不会危及生命。但在撒哈拉以南非洲,沙门氏菌如S.鼠伤寒沙门氏菌可引起血液,被称为侵入非伤寒感染沙门氏菌(整数)感染。

每年,INTS感染估计影响到340万人,并导致死亡681316 *全球,其中大部分是由引起S.鼠伤寒沙门氏菌。在刚果民主共和国等地区对iNTS感染的控制和治疗由于获得医疗保健,基础设施面临的挑战和免疫力下降而变得复杂,五岁以下的儿童尤其处于危险之中。

已知的是,在撒哈拉以南非洲的整数感染是由一种类型的主导S.鼠伤寒称为ST313,其与抗生素抗性相关。两组ST313(命名为血统I和II)独立分裂,随后分布在非洲大陆。随着时间的推移,抗生素耐药性一直在增长,血管II现在是iNTS感染的主要原因。

现在,全球研究伙伴关系正在努力了解沙门氏菌ST313如何继续发展和发展耐药性。对收集到的来自刚果(金)人民医院疑似血流感染的血液样本的工作,从INRB和ITM研究人员观察到的抗生素抗性水平从未见过S.鼠伤寒沙门氏菌引起血流感染,包括对抗生素阿奇霉素抗性-通常在储备中持有的药物案例其他证明无效**。

为了更好地理解这些发现,这些菌株进行了基因组测序和分析,包括ITM和Wellcome Sanger研究所的生物信息学分析和实验室实验,以及基因组病原体监测中心(CGPS)的机器学习分析。这些分析S.鼠伤寒沙门氏菌基因组确定了从ST313分支的新亚集团,命名谱系II.1。据估计,这一新组织于2004年出现,具有广泛的耐药性(XDR)。

来自Wellcome Sanger研究所的热带医学研究所和访问科学家的研究的第一作者Sandra Van Puyvelde博士说:“所有抗生素抗性基因都有助于'XDR'存在于同一质粒上。这令人担忧,因为质粒是一种可以转移到其他细菌的移动遗传因素。在积累更多的抗生素抗性的同时,我们发现新的鼠伤寒沙门氏菌系也显示出进一步的遗传和行为变化,这表明细菌正在进化为血流感染。

研究人员还研究了路S.鼠伤寒沙门氏菌是适应侵入性“生活方式”,从形式移开沙门氏菌引起对导致撒哈拉以南非洲的危险侵入血流感染的各类肠胃疾病。除实验室实验外,还使用机器学习算法对样本进行测试,该算法旨在寻找沙门氏菌DNA中的特征模式,以指示可能导致危险的侵入性感染。

位于Wellcome Sanger研究所的基因组病原体监测中心的生物信息学家Nicole Wheeler博士说:“在实验室中,我们观察到我们在其他侵入性沙门氏菌中看到的这一新的鼠伤寒沙门氏菌的变化。什么是作为生物信息学家,有趣的是我们已经能够使用机器学习来获取这些变化。希望在不久的将来,我们将能够以更具预测性的角色部署机器学习,以帮助控制机器学习的出现和传播。细菌的耐药菌株如S.鼠伤寒沙门氏菌“。

INRB和ITM已经在过去的十年里它一直是举足轻重的在早期发现的XDR建立血液感染监测S.鼠伤寒沙门氏菌。

刚果民主共和国INRB的Octavie Lunguya教授说:“在我们的血液感染监测活动中,我们从刚果民主共和国医院的患者中分离出鼠伤寒沙门氏菌。现在,我们必须密切监测细菌及其进展。”

来自剑桥大学的Gordon Dougan教授说:“这样的研究是独一无二的,因为我们正在通过深入的生物学研究在世界各地医院观察到的最重要的健康问题之间架起桥梁,我们应用尖端技术。像这样的合作是关键,将来对于了解新出现的疾病将是非常重要的。“

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